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监制:中国科普博览
编者按:为解码生命科学最新奥秘,科普中国前沿科技项目推出“生命新知”系列文章,甄选生命科学范围前沿成就,第一时间用通俗语言进行解析。让大家深入生命世界,探索无限可能。
诺贝尔奖获得者、著名物理学家理查德·费曼过去说过这么一句话,“What I cannot create, I do not understand”,意思就是,我不可以创造的东西,我就没办法理解。
这个看法同样适用于对生命的理解。
只有当大家可以去创造生命的时候,才可能真的理解生命的本质,这也是生命科学范围研究一直想要做到的事。
那样,大家该怎么样去创造生命?生命科学范围中的一个基本规则是“中心法则”,即遗传信息可以从DNA复制自己,同时也可以传递给RNA,并由RNA传递给蛋白质,完成遗传信息的转录和翻译过程,这个过程就是创造生命的过程。因此从理论上说,只须大家可以创造出DNA,就大概达成人工创造生命,进而深入理解生命的本质。
人类的“人造生命”进步史
人造生命是指从其他生命体中提取基因,打造新的人工染色体,随后将它转入已被剔除去遗传物质的细胞中,最后由这类人工染色体控制这个细胞,发育变成新的生命体。
人造生命的进步经历虽然较短,却充满着革新和突破。1953年,沃森和克里克提出了著名的DNA双螺旋结构模型,从此开启了分子生物学年代。到了20世纪70年代,赫伯特·博耶和斯坦利·科恩分别达成了限制性内切酶对双链DNA的剪切,与质粒DNA到大肠杆菌的转入,这两项革新成就不只标志着基因工程的诞生。随后,桑格创造的DNA测序技术达成了DNA序列的精确“阅读”。接着,保罗·伯格和沃尔特·吉尔伯特通过开发分子克隆技术,进一步促进了重组DNA技术的进步。
这类突破性的技术都为人造生命的研究奠定了要紧基础。
其中,2010年5月由美国生物学家克雷格·文特尔团队获得的收获标志着人造生命范围的一次重大突破。他们在实验室中通过化学合成了一整个基因组,随后将这个合成基因组植入到一个空细胞中。这个细胞随后依据植入的基因指令开始自我复制和增殖,最后形成新的细胞。
尽管有的科学家持有保注意见,觉得文特尔的成就只不过以一个自然的、先前存在的残留细胞为基础的,并没创造出真的的生命,但他的实验仍然证明了人造基因组可以为细胞提供动力,这为将来真的的人造生命提供了要紧的启示。
人造生命的科学狂人:克雷格·文特
提到人造生命,就不能不提这一范围的泰斗、科学狂人——克雷格·文特。他是美国著名的生物学家和企业家,以在科学界的重大收获而闻名。他的收获包含“一人单挑六国科学家,完成人类基因组计划”和“制造新生物”,这两项工作都是震惊全世界科学界的突破。
“科学狂人”克雷格·文特
(图片来源:克雷格·文特研究所官方网站主页)
20世纪90年代,由美国、英国、法国、德国、日本和中国等6个国家的顶级科学家一同参与人类基因组计划,预计花费30亿USD来完成人类基因组测序。然而,当时间和花费过半时,他们却仅完成了3%的测序工作。
同时,克雷格·文特成立了塞莱拉基因公司,一个私营性质的基因研究机构,开发了如“霰弹枪”的新型测序技术,并飞速追上了多国合作小组的进度。后来,克雷格·文特与六国科学家合作,于2001年初成功完成了人类基因组草图。
在人类基因组计划完成后,克雷格·文特非常快就有了新的理想,这个理想可能是生命科学的终极目的:创造新的生命形式。克雷格·文特计划借助DNA小片段,合成新的基因组,并将它转入已经被剔除去本身基因组的细菌之中,察看这微小的细菌能否进行新陈代谢和繁殖。
经过研究团队十几年不懈的努力,耗资超越4000万USD,克雷格·文特研究团队终于在2010年创造出全新的细菌。克雷格·文特觉得,“这是地球上第一个,爸爸妈妈是电脑却可以进行自我复制的物种。”
现在,克雷格·文特又展开了一系列新的研究,他把我们的游艇改装成研究船,带领团队成员远征百慕大群岛附近的马尾藻海,期望就地取材,绘制出该海域生态系统中所有微生物的基因组图谱。克雷格·文特的终极目的是借助海洋中探寻到的基因,设计出全新的生命形式。这类生命将拥有捕获二氧化碳、遏制温室效应的能力,还能清理核废料,并产生很多氢原子。这项全新生命形式的进步或有望改变全球能源经济的近况。
克雷格·文特的研究旅程从人类基因组测序,到人工合成细菌,再到从海洋中探寻有益基因以设计全新生命,一直贯穿一个主线:从基因到生命。无论是认识基因、合成基因,或是探寻新基因,克雷格·文特所有研究都是为创造生命绘制蓝图,最后达成人造生命的使命,回答了“科学真的可以创造生命”这一要紧命题。
酵母人工染色体合成的突破的道路
细菌和酵母分别是原核和真核生物的典型代表,可以合成这两者的基因组,就能为合成生命奠定要紧的理论基础,丰富人造生命的常识储备。作为原核生物的细菌,科学家合成其基因组并创造全新的生命尚且花费了十几年的时间。那样作为真核生物的酵母,其基因组有16条染色体,合成的复杂性和困难程度不言而喻。
为此,国际上发起了酵母基因组合成计划(Sc2.0),这是人类初次尝试对真核生物的基因组进行从头设计合成,旨在重新设计并合成酿酒酵母全部16条染色体。该项目于2011年启动,由来自中国、美国、英国、新加坡、澳大利亚等国的超越200位科学家一同参与。
研究职员在从头合成酵母基因组序列的过程中面临了很多挑战。因为酵母基因组中存在很多重复序列,他们去除去转座子和重复元件,并重新编码终止密码子。同时,研究职员对基因序列进行了碱基删除、插入和替换的工作,确保合成菌株与天然菌株的表型相同的同时,也保证了基因组的稳定性。
2017年《Science》封面展示的酵母基因组结构模型,其中金色代表已经完成全合成的染色体;白色代表天然染色体
(图片来源:《Science》官方网站)
依据以上原则和标准,2014年,纽约大学的Jef Boeke教授领衔的研究团队成功创建出了第一条人工酵母染色体——最小的3号染色体。这一成就开启了真核生物基因组合成的先河。
到2017年,Sc2.0团队完成了人工合成酵母基因组16条染色体中的5条,其中4条由中国科学家完成。具体来讲,天津大学元英进院士团队负责了5号和10号染色体的合成;清华大学戴俊彪研究员团队负责12号染色体的设计合成;华大基因杨焕明院士团队负责酵母2号染色体的从头设计与全合成。
到了2023年,Sc2.0计划迎来新的里程碑式突破,华大基因沈玥研究员团队完成酵母7号和13号染色体的从头设计与全合成,与tRNA新染色体的构建。这标志着酵母的全部16条染色体的合成工作已圆满完成。除此之外,该团队还成功构建了一种包括50%合成DNA的酵母菌株,这种酵母菌株不只可以活跃增殖,还展示了正常的细胞形态、长度和形状。
2023年《Cell》发表文章描述了酵母染色体的整理过程:将含有不同合成染色体的酵母细胞进行杂交,在后代中探寻携带两条合成染色体的个体,经过漫长的杂交过程,科学家们渐渐将他们先前合成的所有染色体(6条完整染色体和1条染色体臂)整理到同一个细胞中
(图片来源:参考文献[5])
参与酵母基因组合成计划的中国科学家代表,从左到右依次为:李炳志、戴俊彪、杨焕明、元英进、沈玥
(图片来源:人民日报)
人造细胞再升级:逼近真实活细胞
人工合成细菌和酵母主要解决基因组合成的问题,然而活细胞实行功能主要还是依赖蛋白质。2024年4月23日,美国科学家在《自然·化学》《Nature Chemistry》杂志上发表了一项最新研究成就,他们通过操纵DNA和蛋白质,创造出类似人体细胞的人造细胞,这一成就对再生医学、药物输送和诊断工具等范围具备要紧意义。
细胞支架是细胞内部的要紧支架结构,由一系列动态聚合物组成,在细胞分裂、运动和形态形成等重点过程中发挥着要紧用途,没细胞支架,细胞的结构和功能都会受影响。天然细胞的细胞支架结构复杂,具备可重构性,可以在不同地方组装并动态调节自己的结构和力学性能。肽是一种非常有前景的人工细胞骨构造建材料。目前,科研工作者广泛研究了通过合理设计肽,使其自组装成各种结构。然而,可以在细胞模拟限制环境下达成基于肽的系统还十分有限。
细胞和组织的主要成分是蛋白质,这类蛋白质对细胞支架的形成起着必不可少有哪些用途。一般来讲,DNA不会出目前细胞支架内,但这项研究中的研究职员对DNA序列进行重编程,使其成为一种“建筑材料”,与蛋白质元件——肽结合在一块,形成可以改变形状并对周围环境作出反应的新型细胞支架,这对人造细胞来讲,是一个新的思路。
事实上,对DNA进行重编程并不是初次出现。在2023年发表于《自然·通讯》的一项研究中,研究职员证明了五个寡核苷酸(DNA)可以退火成纳米管或纤维,其可调整的厚度和长度跨越四个数目级。这类结构被整理到细胞样囊泡内,并被包裹在囊泡的外部——作为细胞支架发挥用途。DNA重编程方案可以用于合成细胞和组织的自下而上设计,与医学智能材料设施的生成。
对DNA重新编程意味着科学家可创造具备特定功能的新细胞,甚至可以微调细胞对外部重压的反应。虽然活细胞比合成细胞更复杂,但它们也更容易遭到如高温等恶劣环境的影响,而合成细胞即便在50℃下都非常稳定,这就为在不合适人类生活的环境中制造细胞开辟了可能性。
合成细胞可以装载几乎任何药物分子,通过添加微小的磁性颗粒并用体外的磁铁进行精确引导,做到以高剂量靶向小地区而不影响身体的其他部位,比如在癌症治疗中,用合成细胞装载抗癌药物,可以提升药物有效性,并显著降低对其他部位细胞的潜在伤害。
研究团队表示,这项研究能够帮助人类理解生命。合成细胞技术不只让科学家可以“复制”大自然的功能,还有望给生物技术和再生医学等范围带来重大变革。
借助肽-DNA纳米技术构建合成的细胞支架
(图片来源:参考文献[6])
结语
人造生命的研究是人类理解生命的要紧渠道,现在,科学家已经达成了人工合成细菌、半合成酵母与更像活细胞功能的人工细胞。这不只推进了生命科学范围的进步,更在不断创造复杂新生命的同时,为再生医学的进步做出要紧贡献。
可能在不久的以后,人类可以人工合成健康的器官组织细胞,替换受损或病变组织,从而延长人类的健康寿命。这不只体现了科技的进步,更标志着大家对生命本质理解的进一步深化。
参考文献:
1.Gibson et al. Complete Chemical Synthesis, As百度竞价推广bly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome. Science, 2008, 319(5867): 1215-1220.
2.Gibson et al. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome. Science, 2010, 329(5987): 52-56.
3.Xie et al. “Perfect” designer chromosome V and behavior of a ring derivative. Science, 2017, 355, eaaf4704
4.Schindler et al. Design, Construction, and Functional Characterization of a tRNA Neochromosome in Yeast. Cell, 2023. DOI: 10.1016/j.cell.2023.10.015
5.Zhao et al. Debugging and consolidating multiple synthetic chromosomes reveals combinatorial genetic interactions. Cell, 2023, 186: 5220–5236
6.Daly et al. Designer peptide–DNA cytoskeletons regulate the function of synthetic cells. Nature Chemistry, 2024.
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